菌剂中的菌赖以生存的条件是有机质。而80%以上的果园都在施用无机化肥，土壤板结透气性差，使得一些厌气菌大量繁殖，如镰刀菌、齐整小核菌等。更严重的是有机肥极度缺乏破坏了土壤的团粒结构，降低了土壤的保肥保水能力。果农施商品有机菌剂一般每亩都在40公斤左右，有机质很快被分解利用，有机肥中的菌种失去赖以生存的条件不能繁衍生存，大部分死亡。这就是果农在施用商品有机菌剂中发现的地厚施有机菌剂有作用而地薄无作用的道理。

微生物菌剂对改良土壤环境、促进农作物根系发育，预防土传病害等有着积极的作用，但在微生物菌剂的使用上达到理想的效果，要对自己所施用的菌种有所了解，另外要注意生物菌剂的使用技巧，否则菌群一旦失去活性，使用功效就会丧失，就达不到效果了。